针对目前有人认为上海自由贸易试验区负面清单仅是《外商投资产业指导目录》翻版的观点，参与自贸区方案设计的上海WTO事务咨询中心总裁、上海市政府参事室主任王新奎表示，“（负面清单）一定程度上的确是翻版，但是你没实践经验，你先翻，等在试验过程中逐步取得经验以后，才能逐步修改这个负面清单，使之更符合国际高标准。”
上海自贸区负面清单2013版于9月30日发布。有评论认为，自贸区负面清单乏善可陈，只是把现行的外商投资目录照搬进来，是没有意义的。
10月13日，王新奎在复旦大学“中国（上海）自贸区中的管理创新”论坛上坦诚，目前的自贸区负面清单确实“质量不高”，“所以我们加了一个2013版，那意味着还有2014、2015版”。
据王新奎介绍，制定负面清单主要有三大难点：首先是国内一般投资准入管理体制差别待遇现状。由于中国长期以行政审批来管理经济，以行政审批来管理准入，所以各种法律法规、措施、文件汗牛充栋，差别待遇在企业所有制性质、地区、行业、项目等方面都有体现。他认为，要把这些理清楚需要很长时间，而且有的还要考虑中央层面改革的进度，才能确定哪些方面是真正可以先行先试。
其次，负面清单本身也不能设计得面面俱到，负面清单过长就会变成正面清单。第三是外商认定标准。王新奎表示，目前全球对外商认定的趋势，正越来越多地从按注册地认定转变为按照住所地认定，而我们目前是根据注册地来认定外商的，这个问题现在还没有考虑。
王新奎介绍说，针对这些困难，主要的解决思路是：先考虑解决准入阶段的国民待遇问题；同时，负面清单不能凭空创造，需要有法律依据，所以负面清单设计暂时以《外商投资产业指导目录》为基本依据；另外是将政府投资准入管理由注重事先审批转变为注重事中、事后监管。
此前，上海市政府副秘书长、自贸区管委会常务副主任戴海波表示，制定负面清单“毕竟是第一次，我们是小学生”，今后在实践中还会遇到很多新问题，可能会发布2014版、2015版负面清单。
